Les matières organiques jouent un rôle central dans la qualité des sols et dans le maintien de leurs fonctions clés. Elles présentent des fonctions nutritives directes et indirectes, des fonctions structurales et ont un rôle essentiel en tant que moteur de l'activité biologique dans les sols. Elles favorisent l'action des organismes vivants et ainsi la création d'un milieu structuré dont les pores permettent une meilleure circulation de l'air et de l'eau.

Elles améliorent la stabilité de la structure et favorisent la rétention de l'eau par les phases colloïdales. Les groupements fonctionnels des molécules organiques augmentent la capacité d'échange cationique et donc l'effet de rétention potentiel des éléments nutritifs mais aussi potentiellement polluants. La capacité de résistance du sol aux processus de dégradation est également améliorée par une bonne teneur en matières organiques.

La connaissance du rapport entre le taux de carbone organique total et le taux d'azote total (rapport C/N) dans l'échantillon de terre permet d'apprécier l'état d'évolution de la matière organique. Un rapport C/N compris entre 8 et 12 est généralement garant d'un sol sain où la vie microbienne est active et dans lequel les matières organiques sont bien décomposées.